Je děkanem Školy pokročilých mezinárodních studií při Univerzitě Johnse Hopkinse. Světovou proslulost si získal knihou Konec dějin (1989). Fukuyama vydal později (1993) volné pokračování původní knihy, česky vyšla pod názvem Konec dějin a poslední člověk (2002). Loni pak u nás vyšla kniha Velký rozvrat.