Struktura programů, pomocí kterých se budou rozdělovat miliardy z Evropské unie, se v České republice po roce 2007 výrazně změní. Kraje by se měly dočkat osmi vlastních regionálních programů a počet sektorových operačních programů se rozšíří ze současných čtyř nejméně na šest. Důvodem změn v programech je především prudký nárůst objemu peněz, které by do ČR měly po roce 2007 směřovat. Podpory by se měla zvýšit až o pětinu.


Zatímco dosud byly toky peněz rozděleny na podporu průmyslu a podnikání, infrastruktury, lidských zdrojů a venkova a zemědělství, nově by měly vzniknout samostatné programy na podporu vědy a výzkumu a informačních technologií. Podpora krajů je nyní sdružena do jednoho společného programu, MMR jej však chce od roku 2007 nahradit osmi regionálními programy. Vlastní program tak budu mít vždy jeden až tři kraje sdružené do administrativních jednotek NUTS II.


Resort rovněž plánuje tyto jednotky přeskupit. Kraj Vysočina by měl přejít k Jihočeskému kraji od Jihomoravského, který tak zůstane sám. Osiřet by měl rovněž Ústecký kraj, protože Karlovarsko by se mělo nově přesunout k Plzeňskému kraji.